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Glassfish 3.1でautodeployフォルダに入れたjarがディプロイされない

Glassfish OSGi

GlassFish Server Open Source Edition 3.1 (build 43)時点での情報で、将来的には変更されるかもしれませんが、ドメインのautodeploy/bundleフォルダにコピーしたjarの自動ディプロイ(インストール)が初期状態で無効になっているようです。
Glassfish Project: users@glassfish.java.net: Archive ― Java.net
このMLのスレッドにあるとおり、いずれかの方法でJVMオプションを変更することで有効にすることができます。私が試したのは、domain.xmlを変更する方法です。

<jvm-options>-Dorg.glassfish.additionalOSGiBundlesToStart=org.apache.felix.shell,org.apache.felix.gogo.runtime,org.apache.felix.gogo.shell,org.apache.felix.gogo.command</jvm-options>

↑を↓に変更する。

<jvm-options>-Dorg.glassfish.additionalOSGiBundlesToStart=org.apache.felix.shell,org.apache.felix.gogo.runtime,org.apache.felix.gogo.shell,org.apache.felix.gogo.command,org.apache.felix.shell.remote,org.apache.felix.fileinstall</jvm-options>

org.apache.felix.fileinstallというバンドルが自動ディプロイ機能を提供しており、これがGlassfish起動時に開始されないことが原因のようですね。
おそらく同じ原因でmodules/autostartにあるjarも自動ディプロイされないため、宣言型サービスなどの機能が使えなくなっていました。Glassfish自体詳しくないので、インストールやドメインの作成方法がまずかった可能性もありますが。