Administering Hudsonによると、HUDSON_HOMEフォルダを丸ごとコピーすればよいみたいです（Hudsonの動作中でも可能）。ただ、ジョブの数が多いとHUDSON_HOMEのサイズがかなり大きくなってしまうため、各ジョブのworkspaceフォルダ以下は除いて、zipで固める…